Video: Kas yra BAM indekso failas?
2024 Autorius: Lynn Donovan | [email protected]. Paskutinį kartą keistas: 2023-12-15 23:50
A BAM failą (. bam ) yra dvejetainė SAM versija failą . SAM failą (. sam) yra tabuliavimo simboliu atskirtas tekstas failą kuriame yra sekos derinimo duomenų. Indeksavimas : IGV reikalauja, kad ir SAM, ir BAM failai būti surūšiuoti pagal padėtį ir indeksuoti , ir kad indekso failus laikytis tam tikros pavadinimo sutarties.
Taip pat žmonės klausia, kaip atidaryti BAM failą?
Nuo Failas meniu pasirinkti Atviras ir pasirinkite BAM failai iš kairės pusės. Dešinėje pasirinkite mygtuką, kuriame parašyta Pridėti a BAM failą . Eikite į BAM Testas Failai atsisiųstą aplanką pasirinkite with_index_with_graph. Spustelėkite Atviras , pasirinkite žemėlapį.
Antra, kaip konvertuoti BAM failą į Fastq? Žemiau pateikiami BAM failo konvertavimo į FASTQ formatą veiksmai. Tai veiks su Linux ir reikės SAMTOOLS ir BEDTOOLS
- Atsisiųskite SAMTOOLS.
- Išskleiskite naudodami komandą tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Tai sukurs aplanką pavadinimu samtools-version.
- Pereikite į katalogą cd samtools-version.
Taip pat kaip konvertuoti BAM failą į SAM failą?
Į konvertuoti SAM į BAM , naudojame komandą samtools view. Turime nurodyti, kad mūsų įvestis yra SAM formatu (pagal numatytuosius nustatymus jis tikisi BAM ) naudodami parinktį -S. Taip pat turime pasakyti, kad norime, kad rezultatas būtų toks BAM (pagal numatytuosius nustatymus jis sukuria BAM ) su parinktimi -b.
Ką veikia Samtools vaizdas?
Samtools yra paslaugų rinkinys, kuris manipuliuoja lygiavimu BAM formatu. Ji importuoja ir eksportuoja į SAM (Sequence Alignment/Map) formatą, daro rūšiavimas, sujungimas ir indeksavimas ir leidžia greitai gauti skaitymus bet kuriuose regionuose. Samtools skirtas darbui sraute.
Rekomenduojamas:
Ar TIFF failas yra vektorinis failas?
TIF – (arba TIFF) reiškia Tagged Image File Format ir yra didelis rastrinis failas. TIF failas pirmiausia naudojamas vaizdams spausdinant, nes failas nepraranda informacijos ar kokybės, kaip tai daro JPEG. Tai vektorinis failas, kuriame gali būti teksto, grafikos ir iliustracijų
Kas yra apatinio indekso spartusis klavišas?
Spartieji klavišai: taikyti viršutinį indeksą arba apatinį indeksą. Jei norite naudoti apatinį indeksą, vienu metu paspauskite Ctrl ir lygybės ženklą (=)
Kas yra indekso greitas pilnas nuskaitymas?
Greitas viso indekso nuskaitymas yra alternatyva visos lentelės nuskaitymui, kai indekse yra visi užklausai reikalingi stulpeliai ir bent vienas stulpelis. indekso raktas turi NOT NULL apribojimą. Greitas pilnas nuskaitymas pasiekia duomenis pačiame indekse, nepasiekiant lentelės
Kas yra operacijų failas ir pagrindinis failas?
Apibrėžimas: operacijų failas. sandorio failas. Sandorių įrašų rinkinys. Duomenų sandorių failai naudojami atnaujinti pagrindinius failus, kuriuose yra duomenys apie organizacijos subjektus (klientus, darbuotojus, pardavėjus ir kt.)
Kas yra indekso funkcijų lentelė?
Funkcija INDEX() grąžina dabartinės skaidinio eilutės indeksą be jokio rūšiavimo pagal vertę. Kai INDEX() apskaičiuojamas datos skaidinyje, kiekvienos eilutės indeksas yra 1, 2, 3, 4